В соответствии с п. 4.3 Устава учреждения, ст.3; 10; 11; 14; 15 ФЗ «Об автономных учреждениях» органами управления учреждения являются Наблюдательный совет и руководитель.

Члены Наблюдательного совета
Спивак Игорь Викторович	заместитель министра строительства и жилищно-коммунального хозяйства Алтайского края, начальник управления строительства и территориального правления
Бартошевич Евгений Николаевич	старший строительный эксперт группы эколого-санитарной и пожарной безопасности КАУ «Государственная экспертиза Алтайского края»
Викулин Алексей Михайлович	директор ООО «Барнаулгражданпроект»
Герасимович Зинаида Александровна	генеральный директор ассоциации СРО «Алтайские строители»
Доронин Евгений Сергеевич	директор ООО «Спецсервис»
Нощенко Людмила Юрьевна	представитель общественности
Перегудова Татьяна Александровна	начальник отдела организационного, правового, кадрового и информационного обеспечения КАУ «Государственная экспертиза Алтайского края»
Семенихина Юлия Анатольевна	главный специалист отдела разрешительной деятельности и перспективного развития управления строительства и территориального планирования Министерства строительства и жилищно-коммунального хозяйства Алтайского края
Тукоева Светлана Анатольевна	консультант отдела учета, управления и распоряжения имуществом управления имущественных отношений Алтайского края
Шадрин Сергей Григорьевич	исполнительный директор СРО А «Союз архитекторов и проектировщиков Западной Сибири»
Ширшов Вячеслав Николаевич	исполнительный директор Союза строителей «Региональное объединение работодателей Алтайского края»